کویر لوت یکی از بزرگ‌ترین بیابان‌های ایران با ویژگی‌های منحصربه‌فرد خود زیستگاه‌های متنوعی را برای گونه‌های گیاهی و جانوری فراهم کرده است.
پوشش گیاهی کویر لوت بیشتر شامل گیاهان مقاوم به خشکی و سازگار با اکوسیستم منطقه گرم و خشک و کم بارش می‌باشد.
گونه هایی همچون: گز، چوبک، کاکتوس های وحشی، گل شقایق بیابانی، شیرین بیان، علف هفت‌بند و…
این گیاهان معمولاً ویژگی‌هایی مانند تحمل بسیار زیاد خشکی، مقاومت در برابر گرما و توانایی رشد در خاک‌های نمکی را دارند و با ریشه‌های غده ای، عمیق و توانایی ذخیره‌ی آب، توانسته‌اند در شرایط کویر لوت به سازگاری برسند.
گونه های جانوری کویر لوت مانند گورخر ایرانی، یوزپلنگ آسیایی، گربه شنی، آهو صحرایی، عقرب،
آفتاب پرست، بزمجه، شتر، گربه وحشی، روباه، خرگوش مارها، سوسمارها و پرندگانی مانند: هوبره، کبک، تیهو و انواع سارگپه‌ها از جمله زیستمندانی هستند که در کویر لوت مشاهده می‌شوند.
کویر لوت، فاقد رودخانه‌های دائمی است اما رودخانه‌هایی مانند هلیل رود و رودهای فصلی مانند رود شور در اطراف آن جریان دارند که در فصول بارندگی به کویر می‌ریزند.
همانطور که می‌دانیم کویر یک اکوسیستم کامل است با پوشش گیاهی و جانوری مختص خود و اتفاقاً دارای تنوع زیستی مطلوبی می‌باشد بنابراین صحبت هایی مبنی بر جنگل کاری کویر و بیابان زدایی و هر گونه دستکاری غیر طبیعی باعث تغییر نظام اکوسیستم شده و تخریب محسوب می‌گردد.
از جمله تهدیداتی که می‌تواند به اکوسیستم این منطقه آسیب برساند، فعالیت‌های انسانی مانند:
تخریب زیستگاه ها، شکار، تردد خودروها و فعالیت‌های آفرود، استخراج منابع معدنی، کشاورزی و ساخت‌وساز، آلودگی‌های صنعتی و کشاورزی که کیفیت آب و خاک را کاهش داده و بر سلامت اکوسیستم و زیستمندان منطقه تأثیر منفی گذاشته و تنوع زیستی را کاهش می‌دهد.
برای حفاظت از این اکوسیستم ارزشمند نیاز به کنترل فعالیت‌های انسانی و توسعه‌ی برنامه‌های حفاظتی برای گونه‌های جانوری و جلوگیری از شکار، حفاظت از منابع آب و کنترل برداشت از منابع آب زیرزمینی هستیم که می‌تواند به حفظ اکوسیستم کمک کند.
کاهش استفاده از سوخت‌های فسیلی و توسعه‌ی منابع انرژی تجدیدپذیر می‌تواند به کاهش آلودگی هوای این مناطق کمک کند.
آگاهی‌بخشی به جوامع محلی، آموزش گردشگران درباره‌ی اهمیت حفاظت از محیط زیست و برخورد قاطع با تخریب‌گران می‌تواند تأثیرگذار باشد.
اجرای این راهکارها نیازمند همکاری میان دولت، جوامع محلی و سازمان‌های غیردولتی است.
