یونسکو در سال ۱۹۹۹ میلادی معیارهای مهم زیر را در مورد طرح های انتقال آب بین حوضه ای وضع نموده است:

معیار ۱ : حوضه آبریز مقصد با وجود استفاده از منابع جایگزین تأمین آب و انجام تمامی اقدامات منطقی برای کاهش تقاضای آن، بازهم در تأمین نیازهای فعلی و آتی، دچار کمبود جدی باشد.

معیار ۲ : توسعه آتی حوضه آبریز مبدأ نبایستی به دلیل کمبود آب با محدودیت چشمگیر روبرو گردد، اگر حوضه آبریز مقصد، زیان های وارده به حوضه آبریز مبدأ را جبران نماید، طرح انتقال آب ممکن است توجیه پذیر باشد.

معیار ۳ : ارزیابی جامع پیامدهای زیست محیطی باید نشان دهد که سطح معقولی از قطعیت وجود دارد که طرح انتقال به شکل اساسی کیفیت زیست محیطی حوضه آبریز مبدأ یا مقصد را تخریب نمی کند. چنانچه هزینه های جبران خسارت زیست محیطی فراهم شود، طرح انتقال ممکن است توجیه پذیر باشد.

معیار ۴ : ارزیابی جامع پیامدهای اجتماعی، فرهنگی باید نشان دهد که سطح معقولی از قطعیت وجود دارد که طرح انتقال، موجب بروز اختلال اساسی اجتماعی – فرهنگی در حوضه آبریز مبدأ یا مقصد نخواهد شد. با این حال، چنانچه در طرح انتقال پرداخت غرامت برای جبران زیان های اجتماعی – فرهنگی فراهم شود، ممکن است توجیه پذیر باشد.

معیار ۵ : منافع خالص ناشی از اجرای طرح باید بطور عادلانه بین حوضه های آبریز مبدأ و مقصد تقسیم شود.

ولی تا کنون کارفرمایان انتقال آب بطور مغایر با معیار های ۵ گانه یونسکو و بویژه معیار اول آن، ابتدا اقدام به بهینه سازی منابع و مصارف نه تنها در حوضه های آبریز مقصد ننموده بلکه ضمن تلاش برای حفظ حقابه های قدیمی کشاورزی، مایل به توسعه کشاورزی نیز بوده اند. در منافع خالص طرح های انتقال آب، نه تنها ذینفعان حوضه آبریز مبدا سهیم نگردیده بلکه منافع درون حوضه آبریزی آنها نیز نادیده گرفته شده، عدم شفافیت در اطلاعات و آمار پروژه های انتقال بین حوضه ای و فرآیند تصویب و توجیه آنها وجود داشته و گزارش های مطالعات توجیهی آنها در دسترس عموم قرار نگرفته و نظر سنجی از ذینفعان در باره آن ها انجام نگرفته است.

عدم حضور آگاهانه ذینفعان در تصمیم گیری های مدیریت کلان آب و آشنا نبودن آنها با اثرات بلند مدت برداشت و انتقال آب بین حوضه ای و نیز عدم وجود دیدگاه های آینده نگر به مسایل توسعه پایدار که در آن بر برداشت و استفاده مناسب از منابع به گونه ای که به تامین آب نسل ها خللی وارد نشود تأکید شده، طرح های انتقال آب بین حوضه ای به سرعت و بدون ارزیابی دقیق و کارشناسانه و بدون اخذ نظر از ذینفعان حوضه آبریز مبدا و جلب رضایت آنها و صرفاً با نگاه یک طرح معمول مهندسی، مطالعه و اجرا شده و می شوند. هنوز الگوی تصمیم‌گیری برای انجام این پروژه‌ها به‌نظر می‌رسد در فضایی فارغ از تفاهم‌سازی بین ذی‌نفعان و به اصطلاح حاکمیتی انجام می‌شود. بندهای ۱ و ۳ فوق نیز شامل طرح های انتقال آب از دریا نیز می گردند.