در سال ۱۳۸۹ قانون پروانه دار کردن چاه‌های غیرمجاز تصویب و بنا شد فقط چاه‌هایی که قبل از پایان سال ۱۳۸۵ حفر شده‌اند، مشمول این قانون‌ شوند. در این قانون وزارت نیرو موظف شده بود طی دو سال بعد از ابلاغ قانون، پروانه بهره‌برداری صادر کند به شرط رعایت ظرفیت دشت، حریم چاه‌های مجاز، سیستم آبیاری تحت فشار و …
یکی از شروط صدور پروانه، نصب کنتور هوشمند بوده تا برداشت آب ثبت شود.

با قانونی کردن چاه‌های غیرمجاز،دولت احمدی‌نژاد پشتوانه قانونی به بهره‌بردارانی داد که سال‌ها خارج از چارچوب رسمی کار کرده بودند. این کار باعث تقویت شبکه‌های محلی بهره‌برداری آب و خاک گردید. پیامدهای بسیار مخرب این قانون که با تئوری خودکفایی توجیه شد برای دشت‌های ایران بسیار مخرب بوده است. از جمله مواردی که می‌توان به آن اشاره کرد:

۱) تثبیت برداشت‌های غیرقانونی:

چاه‌های غیرمجازِی که بدون ارزیابی اکولوژیک حقر شده بودپروانه گرفتند. درنتیجه برداشتِ غیرقانونی بدون هیچ کنترلی به حق بهره برداری تبدیل شد ؛
چاه‌های غیرمجاز که به دلیل اهمال کاری و فساد و ناکارآمدی دولتها حفر شده بود مجوز گرفته و زنجیره خطاها رسمی شد؛ کشاورزانی که شغل آنها در طی صدسال گذشته کشاورزی بوده و با دوندگی زیاد پروانه بهره برداری تحت نظارت گرفته بودند با بی عدالتی سیستماتیک و قانونی مواجه شدند.
عمل غیرقانونی برداشت غیرمجاز هزاران شبه کشاورز که با اجاره زمین و چاه‌های غیرمجاز و جالیزکاری به ثروت کلان رسیده بودند به رسمیت شناخته شد.

۲) فشار بیشتر بر دشت‌های بحرانی:

چاه‌های غیرمجاز اغلب در دشت‌های ممنوعه یا بحرانی حفر شدند و پروانه‌دار کردن آنها به کاهش بیشتر سطح آب زیرزمینی، تسریع فرونشست، تشدید رقابت و تعارضات محلی منجر شد. زیرا وزارت نیرو قادر به اجرای موازی طرح هوشمندسازی پیوست قانون نشد.

۳) پیام نادرست به جامعه:

پیامد اجتماعی و فرهنگی این قانون یک سیگنال غلط به جامعه فرستاد : «اگر چاه غیرمجاز بزنی، بعداً بالاخره قانونی‌اش می‌کنند.» این پیام باعث شد در بسیاری مناطق حفر چاه غیرقانونی ادامه پیدا کند.

۴) تضعیف اقتدار حاکمیتی در مدیریت آب :

اقتدار مهمترین اصل حکمرانی است. اگر حاکمان در موقعیت‌های حساس و سرنوشت ساز اقتدار خود را با اگر و اما مشروط نمایند این پیام را به مجرمان و متخلفان می دهند که ناکارآمد است. در مورد چاه‌های غیرمجاز این قانون « قدرت تنظیم‌گری وزارت نیرو کاهش داد و نهادهای ذی‌نفوذ، شوراها، بهره‌برداران بزرگ قوی‌تر شده و برای برداشت‌های بیشتر و انباشت دارایی مصمم تر می گردند.

۵) اختلال در عدالت آبی :

عدالت مهمترین رکنی است که قانون گذاران در تصویب قوانین باید لحاظ کنند. اما با تصویب این قانون بهره‌بردارانی که سال‌ها قانون را رعایت کرده‌اند، عملا با متخلفان یکی انگاشته شدند و قانون‌شکنان که سالها قانون شکنی کرده بودند نه تنها مجازات نشدند بلکه امتیاز گرفتند و بی‌عدالتی ساختاری نهادینه شد. .

۶) تضعیف برنامه‌ریزی بلندمدت منابع آب:

قانون پروانه دار کردن چاه‌های غیرمجاز و قانون توزیع عادلانه آب هر دو در اختیار سیستم ناکارآمدی بودند که از هوشمند سازی برداشتها ، فناوری های مدرن آبیاری و آموزش و. کشاورزی مدرن عقب مانده بود. علاوه بر این در این سیستم به راحتی میشد قانون دور زد و درنتیجه تعدادی قبل از اجرای قانون چاهها را حفر و به‌عنوان چاه قبل از ۱۳۸۵ جا زدند.
تعداد بسیار زیاد این چاه‌ها هر برنامه اصلاحی دیگری مانند برنامه‌های احیا و تعادل‌بخشی را مختل نموده و مدل‌های مدیریت منابع آب علمی را بی‌اعتبار ساخته است.

این قانون به طور مشخص ظرفیت تجدیدپذیر آب زیرزمینی را از کنترل خارج کرد. هزینه‌های حکمرانی را افزایش داده و ده‌ها هزار پرونده بررسی شد. بدون اختصاص بودجه پایش و بازرسی سنگین‌تر شد. این قانون به تخلف و جرم مشروعیت داده و تا به امروز این کژراهه ادامه دارد.